El quirófano experimental del CI3M posee equipo para monitoreo de signos vitales, anestesia, ventilación mecánica y análisis de muestras sanguíneas; que permiten la realización de pruebas pre-clínicas de diferentes dispositivos médicos en pequeñas y medianas especies como ratas, cerdos, conejos, perros, etc.

Adicionalmente, se cuenta con un endomicroscopio confocal, único para investigación en América Latina. La endomicroscopía confocal es una nueva técnica a nivel mundial que permite hacer estudios histológicos in vivo de manera virtual durante la realización de una endoscopía, generando imágenes detalladas a diferentes grados de profundidad, para hacer análisis de tejidos a nivel celular.

El laboratorio de instrumentación del CI3M cuenta con flujómetros, microscopio esterioscópico, probador de transductores de presión, programador de PICs, multímetros, fuentes de alimentación, generadores de funciones, osciloscopios y frecuenciómetro. Aquí se pueden realizar pruebas de concepto para el diseño de dispositivos médicos, o pruebas de verificación de prototipos.